Der Flugverkehr in Litauen kann auf eine lange Tradition zurückblicken. Bereits vor dem 2. Weltkrieg gab es Passagierflüge nach Moskau und England. Mit der Besetzung der Baltischen Staaten durch die Sowjets 1941 wurde jedoch der gesamte Flugverkehr von Aeroflot übernommen. Nachdem Litauen Anfang der 90er seine Unabhängigkeit von der Sowjetunion zurück erhalten hatten, war Lithuanian Airlines die erste Fluggesellschaft in den baltischen Staaten, die einen eigenen Flugbetrieb aufnahm. Die anfangs aus 27 Maschinen bestehend Flotte hatte man von Aeroflot übernommen.
Am 20. Dezember 1991 benutzte die Fluggesellschaft erstmals eine Boeing737 für die Strecke von Vilnius nach Kopenhagen. Die Maschine hatte man von der irischen GPA Gruppe gemietet. Nach und nach wurden die Maschinen aus Sowjetzeiten durch neuere ausgetauscht und die Flotte somit vereinheitlicht. Heute gehören insgesamt 10 Maschinen zur Flotte der Lithuanian Airlines. Die fünf Boeing 737-500 und fünf Saab 2000 Maschinen fliegen von Vilnius fast 30 Ziele in ganz Europa an.
Beim Aufbau eines eigenen Flugbetriebes fungierte die ungarische Fluggesellschaft Malèv als Berater und übernahm die Pilotenausbildung für die Boing 737. Seit 1992 ist Lithuanian Airlines Vollmitglied in der Internationalen Flug-Transport-Vereinigung (IATA).
Im Jahr 2005 wurde Lithuanian Airlines, die bisher eine staatliche Gesellschaft gewesen war, privatisiert und von einer Investorengruppe übernommen. Seither fliegt das Unternehmen unter dem Warenzeichen "flyLAL". Im Frühjahr 2006 übernahm eine die schwedische Fluggesellschaft FlyMe 33% Prozent der Anteile und möchte auch die restlichen Anteile in den nächsten drei Jahren ebenfalls übernehmen.
Am 17. Januar 2009 wurde der Flugbetrieb aufgrund mangelnder Liquidität eingestellt.
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